Ústav pro soudobé dějiny AV ČR (1999 – 2006)
Knihy a edice
- Průlom – Agentem CIA uvnitř komunistické nomenklatury, Votobia, Olomouc 2004, spoluautor František Doskočil.
- Menší sestra I. – Vznik a vývoj První správy ministerstva vnitra 1953–1959, Edice dokumentů, Prameny a studie k dějinám československého exilu 1948–1989, Svazek 7, Nakladatelství Prius, Brno 2004.
- Francouzský krtek – V první linii studené války, Svět křídel, Cheb 2003, spoluautor František Vojtásek.
- Jan Kavan: V labyrintu služeb, V labyrintu tajných služeb – Jan Kavan v dokumentech Státní bezpečnosti, Formát, Praha 2003, s. 11–474, spoluautor Přemysl Vachalovský.
- Kasárna na levém břehu – Smíchov a okolí v pražském povstání 1945, Svět křídel, Cheb 2003.
- ŠtB na Slovensku za „normalizácie“ – Agónia komunistickej moci v zvodkách tajnej polície, Ministerstvo spravedlnosti SR, Bratislava 2002.
- Přísně tajné! Státní bezpečnost za normalizace – Vybrané směrnice a metodické pokyny politické policie 1978 – 1989, Votobia, Praha 2001.
- Boje o minulost – Deset let vyrovnávání se s komunistickou minulostí – pokus o předběžnou výpověď, Barrister & Principal, Brno 2000.
Odborné články
- Czechoslowacja. In: Persak, Krzystof – Kamiński, Lukasz: Czekiści. Organy bezpieczeňstwa w europejskich krajach bloku sowieckiego 1944-1989. IPN, Varšava 2010, spoluautor Petr Blažek.
- Několik pohledů na Ladislava K. Feierabenda. In: Feierabend Ladislav: Zemědělské družstevnictví v Československu do roku 1952. Nakladatelství Stehlík, Volary 2007, s. 6-8.
- La vía moderada checa hacia la superación del pasado totalitario. In: Experiencias de la transición Checa. X crossing, Praha 2006, s. 199-210.
- Сярэднi чэскi шлях да пераадоленьня таталiтарнага мiнулага, In: Трансфармацыя Чэскi досьвед. X crossing, Praha 2006, s. 117-122.
- «Баявая зброя» Дзяржаўнай бясьпкi. Супрацоўнiкi Дзяржбясьпекi ў дырэктывах па агентурна-апэратыўнай працы 1947–1989 гадоў. In: Arche, 2006, č. 7-8 (47-48), s. 163-201.
- Czechoslovakia. In: A Handbook of the Communist Security Apparatus in East Central Europe, 1944–1989 Institute of National Remembrance. Varšava 2005, s. 87-161, spoluautor Petr Blažek.
- Role ODS při překonávání komunistické minulosti. In: Balík, Stanislav a kol.: Občanská demokratická strana a Česká politika, ODS v českém politickém systému v letech 1991 – 2006. CDK, Brno 2006, s. 195-213.
- The Cases of Czechoslovakia and the Czech Republic. In: HATSCHIKJAN, Magarditsch – RELJIĆ, Dušan – ŠEBEK, Nenad (eds.): Disclosing hidden history: Lustration in the Western Balkan. A project Documentation. Center for Democracy and Reconciliation in Southeast Europe, Soluň 2005, s. 80-82.
- Meyer-Detringova mise do štábu Heeresgruppe „Mitte“. In: Historie a vojenství, 2005, č. 4, s. 95-98.
- „Ostrá zbraň“ Státní bezpečnosti – Spolupracovníci StB ve směrnicích pro agenturně-operativní práci 1947 – 1989. In: Blažek, Petr (ed.): Opozice a odpor proti komunistickému režimu v Československu 1968 – 1989. ÚČD FF UK – Dokořán, Praha 2005, s. 180-222.
- Komunisté vs. agrárníci. In: Mrklas, Ladislav (ed.): 15 let poté. Sborník k patnáctému výročí pádu komunismu v zemích střední a východní Evropy. CEVRO – LKA, Praha 2005, s. 171-173.
- Vzestupy a pády Bohumíra Molnára. Kariéra generála Státní bezpečnosti. In: Čelovský, Bořivoj: Oči a uši strany, Sedm pohledů do života StB. Nakladatelství Tilia, Šenov u Ostravy 2005, s. 77-117.
- The Origins and Development of the Czechoslovak Interier Ministry First Directorate: Communist Espionage in the 1950s. In: The Journal of Inteligence History, 2005, č. 1, s. 81-84.
- Odškodnění poškozených v širších souvislostech. In: Fajmon, Hynek (ed.): Sovětská okupace Československa a její oběti. CDK, Brno 2005, s. 98-102.
- Der tschechische Weg aus dem Komunismus. In: Horch und Guck, 2005, č. 1, s. 58-61.
- Vojenské velitelství Velké Prahy: „Vše pro vítězství“. In: Historie a vojenství, 2005, č. 2, s. 115-123.
- Poslední dny velitele Waffen-SS Čechy a Morava. In: Historie a vojenství, 2005, č. 2, s. 105-111.
- Jaromír Nechanský a Pražské povstání. In: Historie a vojenství, 2005, č. 2, s. 4-17; č. 3, s. 43-60.
- Třídní boj po 17. listopadu 1989 v dokumentech politického aparátu ČSLA. In: Historie a vojenství, 2005, č. 1, s. 105-119.
- Proti vnitřnímu nepříteli. Nástin činnosti správy StB České Budějovice v roce 1989. In: Jihočeský sborník historický, 2004, č. 73, s. 215-230.
- Vzestup a pád Bohumíra Molnára. Vznik a vývoj československé rozvědky v padesátých letech minulého století, I. – III. In: Střední Evropa, 2004, č. 119, s. 100-114; č. 120, s. 115-126; č. 121, s. 99-117.
- První směrnice pro činnost vojenských přidělenců. In: Historie a vojenství, 2004, č. 2, s. 89-93.
- Agentem svobodného světa. Kariéra zpravodajského důstojníka Františka Tišlera. In: Historie a vojenství, 2004, č. 1, s. 92-107.
- Armáda pod drobnohledem. Vojenská kontrarozvědka v dokumentech, 1974-1989, In: Historie a vojenství, 2003, č. 3-4, s. 797-836.
- Na obě strany. Čs. vojenské zpravodajství padesátých až sedmdesátých let 20. století očima krtka, In: Vojtásek, František – Žáček, Pavel: Francouzský krtek. V první linii studené války. Svět křídel, Cheb 2003, s. 187-259.
- Děravé seznamy. In: Revue Prostor, 2003, č. 57, s. 26-28.
- Odluky osob v padesátých letech (únosy v režii československé Státní bezpečnosti). In: Babka, Lukáš – Veber, Václav (eds.): Za svobodu a demokracii III., Třetí (protikomunistický) odboj, Univerzita Hradec Králové, Hradec Králové 2002, s. 117-141.
- Politická policie proti mládeži – Snahy StB o kontrolu tzv. problematiky mládeže ve druhé polovině osmdesátých let. In: Vaněk, Miroslav a spol.: Ostrůvky svobody, Kulturní a občanské aktivity mladé generace v 80. letech v Československu. ÚSD AV ČR – Votobia Praha, Praha 2002, s. 273-332.
- ÚDV za jednobarevné vlády ČSSD. In: Mukl, 2002, č. 1, s. 33-36.
- Boj proti církvím a sektám: pohled z centrály StB. Nástin agenturně-operativní činnosti 9. odboru hlavní správy kontrarozvědky SNB v roce 1989. In: Fiala, Petr – Hanuš, Jiří (eds.): Katolická církev a totalitarismus v českých zemích. CDK, Brno 2001, s. 125-160.
- Operace Platinum-Pewter očima Jaromíra Nechanského. In: Pocta Zdeňku Jelínkovi, Práce muzea v Kolíně – řada společenskovědní VII. Kolín 2001, s. 226-249.
- Svazky Státní bezpečnosti: Průsečík střetu o komunistickou minulost. In: Střední Evropa, 2001, č. 109, s. 68-86.
- Lutte pour le passé – Le gestion du passé au niveau institutionnel. In: Cahiers du CEFRES, 2001, No. 26, s. 227-245.
- Rakouský pašerák agentem StB. Únosy v režii politické policie. In: Revue Proglas, 2001, č. 8, s. 24-27.
- Struktura StB na Slovensku před rokem 1989. In: Kritika & Kontext, č. 2-3/2001, s. 19-21.
- Nástin rozpracování tzv. problematiky agrárníci Státní bezpečností v padesátých a šedesátých letech. In: Šouša, Jiří – Miller, Daniel E. – Samal Hrabik, Mary (eds.): K úloze a významu agrárního hnutí v českých a československých dějinách. UK – Nakladatelství Karolinum, Praha 2001, s. 173-186.
- Případ Tutter a česká média. In: Revue Proglas, 2001, č. 2, s. 27-29.
- Staatssicherheit versus Státní bezpečnost. K bezpečnostní terminologii dvou satelitních tajných služeb sovětského bloku. In: Soudobé dějiny, 2000, č. 3, s. 357-361.
- Překonávání totalitní minulosti (referát v Senátu PČR). In: Komunismus v nás: Cesta do minulosti nebo budoucnosti? Občanský nadační fond, Brno 2000, s. 33-41.
- Překonávání totalitní minulosti na český způsob. In: Fiala, Petr – Mikš, František (eds.): Česká konzervativní a liberální politika, Sborník k desátému výročí založení revue Proglas, CDK, Brno 2000, s. 388-398.
- Seznamy, registry a svazky – Co s dokumentací Státní bezpečnosti?, In: Proglas, 2000, č. 10, s. 28-31.
- Lépe dříve než později. In: Revue Proglas, 2000, č. 3, s. 5-9.
- Anatomie jedné kontroly – Rok od Grulichovy supervize na ÚDV. In: Revue Proglas, 2000, č. 2, s. 21-24.
- Ladislav K. Feierabend v materiálech Státní bezpečnosti. In: Revue Proglas, 2000, č. 1, s. 28-32.
- Svazky StB – Specifický prostředek k pohledu do totalitní minulosti. In: Parlamentní zpravodaj, 1999, č. 10, s. 24-25.